六年，贼酋石达开窜江西，郡县多陷。国藩驰赴省城，遣彭玉麟统内湖水师退驻吴城，以固湖防。李元度回剿抚州，以保广信。诸将分扼要地，先后复进贤、建昌、东乡、丰城、饶州，连破抚州、樟树镇、罗溪、瓦山、吴城之贼。会同湖北援师刘腾鸿、曾国华等，大破贼瑞州，复靖安、安义、上高，自江西达两湖之路，赖以无梗。七年正月，复安福、新淦、武宁、瑞昌、德安、奉新，军声大振。不一岁，石逆败遁江西获安，曾国藩力也。

二月十八日，丁父忧。上谕：曾国藩见在江西，军务正当吃紧。古人墨绖从戎，原可夺情，不令回籍。惟念该侍郎素性拘谨，前因母丧未终，授以官职，具折力辞。今丁父忧，若不令其回籍奔丧，非所以遂其孝思。着赏假三个月，回籍治丧。俟假满后，再赴江西督办军务，寻固请终制。

上谕：曾国藩本以母忧守制在籍，奉谕帮办团练。当贼氛肆扰鄂、皖，即能统带湖南船勇，墨绖从戎。数载以来，战功懋著，忠诚耿耿，朝野皆知。伊父曾麟书因闻水师偶挫，又令伊子曾国华带勇远来援应，尤属一门忠义，朕心实深嘉尚。今该侍郎假期将满，陈请终制，并援上年贾桢奏请终制蒙允之例。览其情词恳切，原属人子不得已之苦心。惟现在江西军务未竣，该侍郎所带楚军，素听指挥，当兹剿贼吃紧，亟应假满回营，力图报效。曾国藩身膺督兵重任，更非贾桢可比。着仍遵前旨，假满后即赴江西督办军务，并署理兵部侍郎，以资统率。俟九江克复，江面肃清，朕必赏假，令其回籍营葬，俾得忠孝两全，毫无馀憾。该侍郎殚心事主，即以善承伊父教忠报国之诚，当为天下后世所共谅也。

国藩覆奏称，江西各营安谧如常，毋庸亲往抚驭，并沥陈才难宏济，心抱不安。奉旨先开兵部侍郎缺，暂行在籍守制，江西如有缓急，即行前赴军营，以资督率。八年五月，奉命办理浙江军务，移师援闽。闽匪分股窜扰江西，遣李元度破之广丰、玉山。张运兰复安仁时，国藩驻军建昌，东、南、北三路皆贼。国藩计东路连城，贼势已衰，闽事不足深虑；北路景德镇乃大局所关，又较南路信丰为重，乃遣运兰攻景德镇，萧启江追剿信丰之贼。九年，启江破贼南康，克新城墟池江贼巢，遂复南安，解信丰围。贼窜湖南，将由粤、黔入蜀。国藩随檄启江驰赴吉安，援应湖南运兰复景德镇、浮梁县，江西肃清，馀贼窜皖南。国藩奉命防蜀，行至阳逻，奉谕以皖省贼势日张，饬筹议由楚分路剿办。

国藩回驻巴河，简校军实。因奏言自洪、杨内乱，镇江克复，金陵逆首，凶焰久衰。徒以陈玉成往来江北，勾结捻匪，庐州、浦口、三河等处，迭挫我师，遂令皖北之糜烂日广，江南之贼粮不绝。欲廓清诸路，必先破金陵。欲破金陵，必先驻重兵滁、和，而后可去江宁之外屏，断芜湖之粮路。欲驻兵滁、和，必先围安庆，以破陈逆之老巢，兼捣庐州，以攻陈逆所必救。进兵须分四路：南则循江而下，一由宿松、石牌规安庆，一由太湖、潜山规桐城。北则循山而进，一由英山、霍山攻舒城，一由商城、六安规庐州。南军驻石牌，则与杨岳斌黄石矶之师联为一气；北军至六安州，则与寿州之师联为一气。国藩请自规安庆，多隆阿、鲍超取桐城，胡林翼取舒城，李续宜规庐州。奏入，上是之。

十年二月，贼酋陈玉成犯太湖，国藩分兵破之。四月，赏兵部尚书衔，署两江总督，六月，补两江总督，以钦差大臣督办江南军务。七月，命皖南军务统归国藩督办。十一年，国藩进驻祁门，督饬杨岳斌、彭玉麟、曾国荃、鲍超等水陆夹击，为逐层扫荡之计。先后复黟县、都昌、彭泽、东流、建德、休宁、徽州、义宁。悍贼数万，据安庆久不下。曾国荃、多隆阿等围之。陈玉成来援，诸军击走之，拔其城，贼无脱者。进复池州、铅山、无为、铜陵及泥汊、神塘河、运漕、东关各隘，赏太子少保衔。命统辖江苏、安徽、江西、浙江四省军务，巡抚、提镇以下悉归节制。

国藩力辞，上不许。谕曰：前命曾国藩以钦差大臣节制江、浙等省巡抚、提镇，以一事权。曾国藩自陈任江督后，于皖则无功可叙，于苏则负疚良深，并陈用兵之要贵得人和，而勿尚权势，贵求实际，而勿争虚名，恳请收回成命。朕心深为嘉许，仍谕令节制四省以收实效。曾国藩覆陈下情，言见在诸路出师将帅联翩，威柄太重，恐开斯世争权竞势之风，兼防他日外重内轻之渐。足见谦卑逊顺，虑远思深，得古大臣之体。在曾国藩远避权势，自应如此存心。而国家优待重臣，假以事权，从前本有成例。曾国藩晓畅戎机，公忠体国，中外咸知，当此江、浙军务吃紧，生民涂炭，我两宫皇太后孜孜求治，南望增忧，若非曾国藩之悃忱真挚，岂能轻假事权。所有四省巡抚、提、镇以下各官，仍归节制。该大臣务以军事为重，力图攻剿，以拯斯民于水火之中。毋再固辞。

先是贼围杭州，国藩迭奉援浙之命，咨令太常寺卿左宗棠统军入浙，檄派张运兰、孙昌国等水陆各营均归调度，以厚兵力，并拨给钱漕厘金以清所部积欠。因奏称左宗棠前在湖南抚臣骆秉章幕中赞助军谋，兼顾数省，其才实可独当一面。恳请明降谕旨，令左宗棠督办浙江全省军务。

上以浙江巡抚王有龄及江苏巡抚薛焕不能胜任，着曾国藩察看具奏，并迅速保举人员，候旨简放。国藩奏言，苏、浙两省群贼纵横，安危利钝系于巡抚一人。王有龄久受客兵挟制，难期振作，欲择接任之人，自以左宗棠最为相宜。惟此时杭州被困，必须王有龄坚守于内，左宗棠救援于外。俟事势稍定，乃可更动。至江苏巡抚一缺，目前实无手握重兵之人可胜此任，查有臣营统带淮扬水师之福建延建邵遗缺，道员李鸿章劲气内敛，才大心细，若蒙圣恩将该员擢署江苏巡抚，臣再拨给陆军，便可驰赴下游，保卫一方。

至是杭州失守，国藩覆奏陈补救之策：

一、拟令各军坚守衢州，与江西之广信，皖南之徽州为掎角之势，先据形胜，扼贼上窜。左宗棠暂于徽、衢、信三府择要驻扎，相机调度。总须先固江西皖南边防，保全完善之地，再筹进剿。

一、请于浙江藩、臬两司内，将广西按察使蒋益灃调补一缺，饬带所部五六千人赴浙，随左宗棠筹办防剿，可收指臂之助。

一、浙省兵勇，恃宁、绍为饷源。今全省糜烂，无可筹画。恳恩饬下广东粤海关、福建闽海关按月协拨银两，交左宗棠以资军饷。

奏入，上皆如所请行。

同治元年正月，命以两江总督协办大学士国藩奏言，自去秋以来，迭荷鸿恩，臣弟国荃，又拜浙江按察使之命，一门之内，数月之间异数殊恩，有加无已。感激之馀，继以悚惧。恳求皇上念军事之靡定，鉴微臣之苦衷，金陵未克以前，不再加恩于臣家。又前此迭奉谕旨，饬保荐江苏、安徽巡抚，复蒙垂询闽省督、抚，饬臣保举大臣，开列请简。封疆将帅，乃朝廷举措之大权，如臣愚陋，岂敢干预。嗣后如有所知，堪膺疆寄者，随时恭疏入告，仰副圣主旁求之意。但泛论人才，以备采择则可；指明某缺，径请迁除则不可。盖四方多故，疆臣既有征伐之权，不当更分黜陟之柄。风气一开，流弊甚长，辨之不可不早。寻遣将击走徽州、荻港之贼，复青阳、太平、泾县、石埭。国荃会同水师，复巢县、含山、和州，并铜陵闸、雍家镇、裕溪口、西梁山四隘。弟贞幹复繁昌、南陵，破贼三山、鲁港。

上以国藩前奏情词恳挚，出于至诚，不再加恩而进国荃、贞幹等职。国藩驻安庆督师，奏请仍建安徽省会于安庆，设长江水师提督以下各官，指授诸将机宜，以次规取皖南北府县各城。国荃率师进围金陵。苏、浙贼酋李秀成等分道来援，大小数十战，力却之。二年五月复江浦、浦口，克九洑洲，长江肃清。因淮南运道畅通，筹复盐务，改由民运。奏陈疏销轻本保价杜私之法。三年正月，官军克锺山，合围金陵。六月，金陵平。