击破大西军，杀死张献忠，鳌拜又居首功。然而非但未受赏，却反而论死。有人说攻打张献忠大西军时有人冒功争赏，鳌拜坐军中详勘不实，“应革职，罚银一百两”。三月，贝子托齐讦告郑亲王济尔哈朗当年拥立豪格，后又庇护豪格诸罪状。鳌拜等人在皇太极死时拥立豪格及皇子的种种活动同时被揭发。多尔衮欲兴大狱，将牵连诸人齐集质询，定鳌拜与济尔哈朗以及诸人同谋，“曲徇肃王豪格”，应论死。但顺治帝颁诏赦免了他，允许他纳罚金赎罪。豪格亦论死，多尔衮将其幽系，不久死于幽所。四月，侍卫廓步梭又讦告鳌拜等在皇太极死时“擅发兵守门”，再一次论死，改革职为民，得旨免革职。

议政大臣

顺治五年十一月，鳌拜随英亲王阿济格统兵驻守大同。阿济格追逼粮草，任意杀戮。十二月初三，大同总兵姜骧乘机举兵反清，山西各州县多有响应者。其时，农民军联合南明永历政权抗清，在湖广、广西节节取得胜利，江西总兵金声桓、广东提督李成栋亦倒戈反清，中原大地再一次形成抗清高潮。大同反清威胁北京，多尔衮决定亲征。第二年三月，鳌拜与端重亲王博洛会攻大同，守军以锐卒直冲清阵，谋夺红衣大炮，鳌拜指挥部下击退敌兵。姜骧部将杨震戚率万余人猛攻镶蓝旗营地，鳌拜率蓝旗军兵迎击，展开激战，杨震威被打败。又有援军五千由大同北山至，进逼清军，打算解大同之围。鳌拜率精兵破其一营，追奔逐北，姜骧闻援兵至，遂率千余骑出城接战，鳌拜复率军迎击姜骧，大同之围终莫能解。清军挖长壕围大同，同时分兵剿杀响应姜骧各城，鳌拜战于忻口，攻晋祠、汾州、克孝义县。九月，大同被围日久，城中“兵民饥饿，死亡殆尽，余兵无几”。姜骧部将杨震威等合谋斩姜骧，并其兄姜琳，弟姜有光，开城投降，以姜骧首级献于阿济格军前，大同的叛乱遂即平定。

顺治七年七月，摄政王多尔衮在患病之时，暗示内大臣锡翰让顺治帝到他宅第探视，锡翰领会他的意图，清顺治帝幸临。但多尔衮又以擅请皇上罪名论锡翰之罪。鳌拜了解其中情形但不敢多言。殊不料多尔衮又以鳌拜“见非不举”治其死罪，后免死罚赎，由一等精奇尼哈番降为一等阿思尼哈番。顺治七年十一月，多尔衮死，顺治帝亲政。第二年正月，鳌拜与其弟巴哈并为议政大臣，复晋一等侯。鳌拜在多尔衮摄政期间，三次论死，有功不显。顺治八年二月，济尔哈朗等讦告多尔衮生前谋逆诸罪，顺治帝福临命“布告天下，咸使闻知”。多尔衮被削爵，党附诸人有的被处死，有的被革职。被多尔衮长期摧抑者如遏必隆等人上书申诉冤枉。顺治九年二月，鳌拜也向皇帝控诉，“自陈劳绩，因忤睿亲王意，屡抑战功”。顺治帝认为，鳌拜“军绩颇多，且为国效力多年，其功甚懋”，应从优叙议，由一等侯升二等公。在审讯党附多尔衮的巩阿岱，锡翰等人时，鳌拜、索尼等人曾经盟誓“一心为主，生死与共”，为福临所闻知，鳌拜忠于幼主深得福临欢心，视为心腹。四月，“以鳌拜总管侍卫”，授领侍卫内大臣，遏必隆管銮仪卫，与索尼并为内大臣，诸人于是成为福临所倚重的黄旗元老重臣。

鳌拜既是议政大臣，又是领侍卫大臣，得参议大政，随侍帝侧，位列公爵，权势日增，成为清政权的核心人物。顺治十三年，鳌拜疏奏：“大阅讲武，国之至重也。自太祖、太宗以来举行已久。今请酌古准今，三年一次大阅。”鳌拜意欲使八旗劲旅保持传统，常备不懈，以确保江山社稷，故深得顺治赏识，“得旨允行，并著为令”。从此，“大阅”成为有清一代定制，以后各省督抚亦三年大阅营伍。同年十一月，鳌拜以前攻城时所受的战伤发作，卧床不起。顺治帝亲临探视慰问，十分关怀，被认为是殊劳。顺治十四年冬，太后博尔济吉特氏染病，福临朝夕省问侍候，鳌拜也昼夜半劳。博尔济吉特氏病愈之后，福临谕吏部：“皇太后圣体违和，朕晨昏省侍，鳌拜等近侍护卫，昼夜勤劳，食息不暇，朕所亲见。今皇太后圣体康宁，中外欢庆，鳌拜等同朕省侍，勤劳罔懈，深中嘉悦，宜分别嘉奖，以示鼓动。”加鳌拜少傅太子太保衔，因其弓马娴熟，命教习武进士，技艺精湛优异者，或留充侍卫，或由兵部选授副将、参将等官职。

辅政擅权

顺治十八年正月初八，福临去世，遗诏以第三子八岁的玄烨嗣位，由大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅政大臣。居辅政大臣之首的索尼历事太祖、太宗、世祖三朝，多经历内外大事，老谋深算，但已年迈多病。苏克萨哈与鳌拜本为姻亲，但二人意见多不合，并且由于苏克萨哈隶多尔衮所将正白旗，索尼对他很为厌恶。遏必隆懦弱平庸，遇事无主见。因此鳌拜虽居四辅政之末，却因以上种种原因得以擅权。螯拜与内大臣费扬古有嫌隙，其子侍卫倭赫故而不尊敬鳌拜，鳌拜对此怀恨在心。康熙三年（）四月，倭赫在景山、瀛台擅骑御马，又用御弓射鹿，螯拜论罪将倭赫斩首，其父费扬古也牵连，定费扬古“怨望”罪名，将其子尼侃、萨哈连处绞，籍没其家产给予鳌拜弟都统穆里玛。从此鳌拜专权妄为，网罗羽翼，朋比结党，触犯自己者辄置之死地。顺治定圈地时，八旗土地各按左右翼次序分给。多尔衮专权时欲移驻永平，故将原属镶黄旗地给予正白旗，而给镶黄旗地于右翼之末，保定、河间、涿州等处，虽然因地有肥沃与贫瘠之分，但两旗之人二十余年来，对此已习惯，各安生业。康熙五年正月，鳌拜因与辅政大臣正白旗人苏克萨哈矛盾日深，以原镶黄旗地为正白旗所占，故立意更换。索尼因憎恶苏克萨哈支持鳌拜，昏庸透顶的遏必隆随声附和。鳌拜遂命户部及直隶总督、巡抚主持其事。直隶、山东、河南总督朱昌祚会同直隶巡抚王登联，实地勘测，旗人与民人都不愿意调换。王登联上疏云：“臣同部臣东往丰润、平滦等地，看到荒凉极目。民地之待圈者，寸壤未耕，旗地之待圈者，半犁未下，恐明岁青黄不接，无从得食，此旗人与百姓并困之情形也。”“百姓情形更有难于见闻进。自圈地之令一传，知旧业难守，有米粮者已粜卖矣，士民千百上书呈请停止圈换，旗人也因计较肥瘠不愿圈换。”总督朱昌祚也上疏说：“京东各州县一闻圈丈，自本年秋收之后，周遭五百里，尽抛弃不耕……京东各州县合计旗民失业者不下数十万人，田荒粮竭，无以次生，岂无铤而走险者！？”二人上疏请示圈换两旗土地一事应予停止。户部尚书苏纳海亦“候明旨进止”，对圈地事不予办理。鳌拜听到他们的议论，大发雷霆，认为三人阻挠圈换，是有意违抗其命令。为此兴起大狱，杀大臣以立威。以苏纳海拔地迟误之罪，朱昌祚、王登联“纷更妄奏”将他们处死。康熙这时虽然年幼，但很有主见，也明白这其中的许多事理，他知道鳌拜这样做是因为“苏纳海始终不阿其意”，朱昌祚、王登联疏奏旗民不愿圈换地亩，坚守不移，是阻挠其意，因此，一定要把他们置于死地。康熙认为这样一件事情杀三大臣太过分，因此就亲自召集四辅政大臣询问。然而螯拜在康熙帝面前，欺他年少，大声咆哮，甚至攘臂挽袖地威吓，坚持将三人必置重典，索尼、遏必隆也同意，只有苏克萨哈一声不吭。但康熙坚持原则，始终未允所奏。谁知鳌拜胆大妄为，竟假传圣旨将三大臣绞杀，又追论已死之苏克萨哈旗人额附英武尔代罪，以泄其忿。康熙知道后，只能暗恨在心，因大权掌在鳌拜手中也无可奈何。

康熙六年正月，康熙帝玄烨岁，索尼对鳌拜的专权看得一清二楚。但他年老多病，且鳌拜已将宫廷禁卫及京师卫戍掌在手中，因而对其也是没有办法。在万般无奈之中，他提出“世祖皇帝十四岁应亲政”。六月，索尼病故，由于岁亲政是清祖制所定，故此鳌拜也没办法阻拦，再则他认为自己大权在握，也无所谓。七月初七，康熙按祖制“躬亲大政”，辅政大臣“仍行佐理”。十三日，苏克萨哈上疏请解辅臣任，愿往守顺治陵寝。苏的提议如成立，鳌拜同样也要交出辅政之权。因此他大怒，指使党羽议决将苏克萨哈应凌迟处死，族诛。康熙“知鳌拜等怨苏克萨哈数与争是非，积以成仇，与其党羽班布尔善等构成其罪，必欲置之极刑，坚执不允所请”。鳌拜竟然气势汹汹，与康熙攘臂强争累日，最后竟强逼康熙同意，将苏克萨哈处绞，诛其旗。

鳌拜权势炎赫，与其弟都统穆里玛，侄侍卫塞木特、纳莫，大学士、内大臣班布尔善，吏部尚书阿思哈，户部尚书马尔赛，兵部尚书噶褚哈，吏部侍郎泰壁图，都统济世哈等结党营私，把持朝政，朝内外大事均在家中议定后施行，根本不把已亲政的康熙放在眼里。他甚且常常在康熙面前或高声质问，或呵斥部院大臣，施威震众；又将部院衙门各官于启奏之后，康熙已经签署同意的奏章再带往家另议另行。鳌拜恐有人弹劾，禁言官上书。有人窃其马，鳌拜捕杀盗者，竟然将御马群牧长同时斩首。鳌拜欺凌年轻的皇帝，气焰嚣张，康熙深感其“欺朕专权，恣意妄为”，决意清除鳌拜集团。但是鳌拜党羽遍布内外，若明降谕旨，外廷拿问，“恐不免激生事端”，不仅不能除掉他反而可能受其害。因而康熙不露声色，采用欲擒故纵，办法在底下加紧谋划。六年，命鳌拜于二等公外加赐一等公，以其子那摩佛袭二等公爵。七年，加太师，其子那摩佛加太子少师。鳌拜对康熙也并不放心。有一天，他假装得病，要康熙亲往问候。康熙临其府第，至被榻前，御前侍卫和公托见鳌拜脸色有变，乃急趋榻前，揭开卧席，见藏有利刃。康熙年少老成，怕鳌拜狗急跳墙，因而神色不变地笑曰：“刀不离身乃满洲故俗，不足异也。”但立即回宫。康熙决意早日擒拿鳌拜。但是鳌拜孔武有力，武艺精湛，久经战阵，捉拿他并非易事。于是选身强力壮之小内监和一批王公亲贵子弟，日习布库（即摔跤），训练了一支亲信卫队。鳌拜或入奏事，康熙与小内监相搏，并不回避，鳌拜以为少年皇帝贪玩好弄，不以为意。同时康熙在底下与其舅舅索额图等一批近臣密谋善后等事宜。一切计议停当，一日，康熙请鳌拜入内让习武少年将其擒之。鳌拜入内后康熙一声令下，十数小童一拥而上，将鳌拜摔倒在地，关进大狱。